请问，用人单位要求劳动者在没有培训资质的情况下签订学徒协议，工作不满三年扣3000工资合法吗？

不合法。根据国家劳动法规，学徒是一种工作技能的培训，培训期间可以发放生活补贴。但学徒不属于劳动关系，签订合同不在合同法保护范围内。因此，协议中要求三年并从工资中扣除3000元是违法的。