江苏省地方海事局内设机构
参与制定重大政策和发展规划，参与重大问题的调查研究；负责起草综合性文件和报告；承办文秘档案、机要保密、政务督查、目标考核、信息公开和信访工作；组织协调相关重要会议和活动；承担局机关的公务接待、后勤保障、资产管理和安全保卫工作。
(2)政工科(纪检监察室)
负责局党总支的日常工作和小组工作；负责局机关的编制、组织人事、劳动工资、职称、教育培训、出国考察等工作；负责局机关的纪检监察工作；负责局机关老干部的管理工作；指导全省地方海事系统的精神文明建设、队伍建设和宣传工作；指导全省地方海事系统的体制改革和机构设置；指导全省地方海事系统行风建设，负责行风查处工作；负责管理地方海事协会。
(3)财务设备科
指导全省地方海事系统规费的征收、财务和审计工作；组织制定全省地方海事系统装备建设发展规划，参与编制年度投资计划，归口管理基建项目、装备建设和大宗物资采购；负责监督全省地方海事系统资金的申请、分配和使用，承担财政预决算的编报工作；负责本省地方海事系统服装的审批、生产和配送；承担全省地方海事系统规费的征收管理工作；承担本省地方海事系统的内部审计工作；承担局机关日常会计核算、国有资产管理和政府采购工作。
(4)航行监督处(危险管理与防污染监督处)
宣传贯彻船舶航行安全和防止船舶污染的有关政策、法规和规章，制定实施措施和意见；负责通航安全评估、水上水下施工、作业审批和航行通告(警告)发布与管理；指导水上交通事故的调查处理，负责水上交通事故的统计、分析和报告，参与重特大水上交通事故的调查处理；负责载运危险货物船舶的安全监督管理，指导船舶污染应急处置，组织危险货物申报员的培训、考试和发证；负责划定通航水域；负责指导打捞清除影响航行安全的沉船；负责船舶安全检查和船舶出入境签证管理；负责渡口的安全监管，指导农用自备船的安全监督管理。
(5)船舶船员管理处(审计业务部)
宣传贯彻有关船舶船员监管的政策法规，制定具体措施和实施意见；负责全省船舶登记管理工作；负责管理全省各类船员的培训、注册、考试、发证和发证工作；负责对船员服务机构和船员用人单位的监督管理；负责对船舶及其公司的安全管理体系进行各项审核，签发《符合证书》和《安全管理证书》；负责安全管理体系审核员的管理、培训和考核。
(6)船舶检验管理科
宣传贯彻国家有关船舶检验的法律、法规和技术标准，制定船舶检验管理发展规划、船舶检验管理措施和相关政策；负责全省船舶和海产品的检验业务及相关证书的发放和管理；负责大型、新型和特种船舶的建造检验管理；负责审查省内施工企业的年检条件；负责船舶和海产品质量事故的调查和处理；负责质量管理体系船舶检验业务的日常管理；负责与船舶修造质量相关的技术咨询服务企业的监督管理。
(7)船舶检验技术部(图纸审查室)
负责船舶检验相关政策、法规、规范和技术标准的研究；负责全省法定勘察机构和勘察人员资质的监督管理；负责全省船舶图样审查业务的管理；负责船舶检验技术档案的管理；负责组织全省船舶检验师的专业培训和考核；负责船检业务软件的开发、使用和维护；参与船舶重大海损和机损事故的调查；负责监督管理船舶设计单位的设计质量；负责船舶检验技术创新、新技术推广、船舶标准化和节能减排工作。
(8)政策法规科
组织开展地方海事、船检和水上执法的政策研究；承担海事船舶检验相关地方性法规规划，协调立法草案，负责规范性文件的审查和上报工作；负责全省地方海事系统的执法监督工作；负责全省地方海上执法队伍建设和执法证件管理，指导和监督执法人员的在职培训和再教育；承担本局的法制宣传教育工作；组织实施本局的行政许可工作；协助应诉局机关行政复议和行政诉讼案件；负责行政权力网上公开透明运行。
(9)科技信息化办公室
负责组织编制全省地方海事系统发展规划和科技信息化规划；组织实施全省地方海事船舶检验科技项目、创新技术的引进开发和科技成果的推广管理；负责全省地方海事系统信息化项目的建设和管理；组织和指导全省地方海事系统的标准计量、知识产权、技术交流和科技创新工作；建立健全全省地方海事船舶检验管理基础数据库，负责各类数据的收集、汇总和统计分析；负责海事网站的建设和管理以及计算机专业人员新技术知识的培训。
(10)指挥调度科
宣传贯彻有关水上搜寻救助的法律法规，制定搜寻救助实施办法；负责与上级水上搜救中心、相邻水上搜救中心和搜救成员单位的联系、沟通和协调；组织编制和完善重大水害应急预案，并开展相关预案的演练；组织协调辖区水上搜救工作；开展水上搜救工作交流培训等活动；负责省水上搜救局24小时值班工作；收集天气预报、航行管理等信息，及时分析评估，提出防范措施；负责全省地方海事系统水上交通视频监控和船舶GPS监管。
(十一)水务执法监督部门
宣传贯彻水上交通安全监管、航空管理和航政执法的有关政策、法规和规章，制定具体实施办法和意见；负责对船舶违反水路运输法律法规的检查、制止、强制和处罚进行指导和监督；负责指导和监督对船舶海事违法行为、超出航道等级限制使用航道、占用通航水域、擅自经营运输和超经营范围行为的检查和处理；负责指导通航水域和港口的巡航，监督管理通航秩序和交通管制；指导和监督上航驻市县水上执法机构的执法工作，负责水上执法的业务培训。