厦门市建设管理局办公室
负责机关日常行政事务的管理、组织和协调，做好后勤保障工作，处理机关日常文电和对外联络；负责新闻报道和指导全系统工作；起草局的重要文稿；组织处理NPC和CPPCC的建议、议案和意见；负责办公室文件、档案、信息的管理和外事接待；负责来信来访、投诉的受理和处理；负责建设工作会议、局系统协调会议和机关定期行政会议的组织协调；负责机关和指导局机关直属单位的安全、保卫、保密和综合管理工作；负责局内刊物、施工记录的协调和修改等相关工作；指导市城建档案局和投诉中心的工作。
规划和财务办公室
组织制定全市建筑业发展的中长期和年度规划:负责编制城市建设维护费等专项资金的使用计划并监督实施，负责组织和指导行业统计工作；负责本局内部财务工作；指导和监督建系统事业单位国有资产管理，对系统直属事业单位实行统一财务管理；统一办理本局行政事业性收费和价格申报调整，统一办理上级管理费收据，指导和监督系统单位行政事业性收费工作；监督建筑业的招商引资、国外贷款、赠款和有限经营权的转让；指导市建设系统会计协会的工作。
政策法规司
组织研究全市建筑业发展、建设体制改革和城市建设管理中带有全局性的重大政策问题；指导建筑业企事业单位的改革和重组；负责监督相关法律法规的实施；负责规范性文件的合法性审查和法律文件的起草工作；负责组织有关方面对规范性文件的制定征求意见和答复；负责组织建设系统的法制宣传、教育和培训；综合管理建设行政执法和城市监察执法监督工作，负责对以本局名义作出的行政处罚的合法性和适当性进行审查并监督实施，负责依法组织查处重大违法案件，负责对本局所属执法单位的行政执法活动进行监督管理；负责受理和处理行政复议案件；负责处理本局与外界的法律纠纷。
建设协调管理办公室
负责协调和组织全市建设项目行政许可的审批工作，会同有关部门制定全市建设项目行政审批许可的招投标程序和制度并负责监督实施，会同有关部门按规定受理行政审批申请，协调项目审批中的重大问题，提供审批服务，监督审批工作；参与建设项目的协调管理；对违反建设项目审批制度规定的单位和个人，会同有关部门予以处理；对在市政建设项目行政审批工作中做出贡献的单位和个人，应当给予表彰和奖励；指导市建管服务中心和市建管服务办公室的工作。
房地产开发和财产管理司
贯彻执行房地产、物业管理服务和房屋使用管理的法律、法规和相关政策；组织制定和实施房地产行业发展规划和年度计划；负责房地产企业和从业人员的资质管理；负责房地产行业的统计工作；负责组织实施或协调指导旧城改造和城市综合开发；落实住房建设相关政策措施，推进住宅产业化和住房制度改革；负责业主委员会的登记管理和物业管理服务企业及从业人员的资质管理；负责房屋使用过程中装修的审查和管理，包括改变主体和承重结构的装修；指导市房地产协会和市物业管理协会的工作。
工程建设管理办公室
贯彻执行国家、省、市建设工程质量安全管理的法律、法规和相关政策；负责施工许可证和竣工验收记录的管理；负责监督建设工程监理，实施监理企业和从业人员的资质管理；会同有关部门调查处理工程质量和安全事故；负责现场文明施工管理；负责建设工程检验鉴定管理工作；负责受理和处理建设工程质量安全投诉；指导市建设工程质量安全监督站和市建设工程检测中心站的工作。
设计科
贯彻执行国家、省、市建设工程市场管理的法律、法规和有关政策；负责建筑市场的整顿和规范管理；负责建设项目的施工和招投标管理；指导和管理项目成本；指导建筑劳务市场、劳务管理和岗位培训；负责建安企业、造价咨询机构、招标代理机构及其从业人员的资质管理；指导市建设工程招标管理办公室、市建设工程交易中心、市建设工程造价管理站、市建筑业协会、市造价管理协会、市建筑装饰协会的工作。
城市管理办公室
贯彻执行国家、省、市有关城市管理的法律、法规和政策；负责城市夜景工程的管理；综合协调市政园林、城建监察、环保、公安、交通等部门实施城市管理；负责本市建筑外墙装饰的执法和监督；负责城市用水规划和节约用水。
村镇建设处
贯彻执行国家、省、市有关村庄规划建设管理的法律、法规和相关政策；组织编制村镇建设发展规划、小城镇体系规划和年度建设计划；指导县、区镇规划的编制、审批和实施，指导镇建设用地综合开发和配套建设，组织村庄建设试点，推进新村建设和旧村改造；指导村镇建设工程的质量和安全工作；负责培训村镇建设干部，统计和管理村镇建设；指导受灾地区村镇重建和搬迁。
勘测设计办公室
在勘察、设计、施工中贯彻执行国家、省、市有关抗震设防管理的法律、法规和政策；参与编制和实施城市总体规划、详细规划、专业规划和各类开发区规划；参与国土规划、区域规划和城市规划区范围内大中型建设项目的决策研究和方案审查；管理全市勘察设计市场，研究制定勘察设计行业发展规划、相关政策和改革方案；负责工程勘察、工程咨询、工程设计单位和施工图审查机构的资质审查和管理；管理城乡建设、工业和民用建筑的抗震设防，协调人防部门检查督促民用建筑修建防空地下室的工作；负责全市大中型工程、重点建设项目、重要纪念建筑和高层建筑的初步设计审批；负责施工图的审批和勘察设计质量的监督管理；指导市建筑设计院、市勘察设计协会和市施工图审查机构的工作。
建筑材料和设备司
负责全市建筑材料和设备使用的监督管理；负责新型建筑材料的推广和使用；负责本市新型墙体材料的鉴定和推广工作；负责建筑节能相关工作；会同有关部门做好《厦门市砂、石、土资源管理条例》的实施和管理工作。指导新型墙体材料协会和建筑机械金属结构协会的工作。
科技司
指导和监督本系统科技法律法规的贯彻实施和相关政策的落实；组织编制和实施行业科技发展规划；组织和指导建筑业重点科研开发、技术改造和建筑工程技术引进项目的论证；负责组织建设系统科技成果的评价、鉴定和验收；管理和指导建筑业新技术、新材料、新工艺、新设备、新结构的示范、评价、推广应用和知识产权管理工作；编制并组织实施建筑业技术规范和标准化管理；组织国际建筑科技合作项目交流和引进项目的消化吸收创新；指导市建筑科学研究院、市建筑系统科学技术委员会和市民用建筑学会的工作。
政治办公室
负责局机关系统公务员和干部职工的选拔、考核、教育、培训、交流和管理工作；负责局系统党的建设、精神文明和宣传教育工作；负责局机关及直属事业单位的组织、编制、薪酬管理和社会劳动保险规划；负责局系统老干部管理工作，组织管理共青团和群众团体；管理厦门建设培训中心的工作；办理局系统出国(境)人员审核，负责人事档案管理；负责建筑业各类管理人员和专业技术人员的岗位资格、职业资格和职业资格管理；负责全市土木工程中级技术职务评审和局机关系统技术职务评审的初审及建筑职业技能培训鉴定工作。
局党委负责指导和管理局党务、纪检、工会、青年团体、妇女和群众工作。
根据有关文件规定，纪检组和监察室按照党章和《行政监察条例》分工协作，各司其职。
总工程师办公室
研究制定我市城市建设科技的重大指导原则和相关操作规程；参与城市总体规划、详细规划、专项规划和重大建设项目的论证和研究，为政府科学决策提供技术支持；牵头协调处理施工管理中涉及多部门、多系统、跨专业的重大技术问题；参与抢险救灾，担任局领导的技术参谋，或受局领导委派，组织指挥现场救援工作；承办市、局领导交办的重要科技工作。