纳税人申报的计税依据明显偏低。

根据《国家税务总局关于股权转让个人所得税计税依据核定的公告》(国家税务总局公告2010第27号)，无正当理由申报的计税依据明显偏低的，可以采取以下核定方法:股权转让所得可以参照每股净资产或者纳税人享有的股权比例对应的净资产份额核定。1.知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权合计占总资产50%以上的企业，净资产额必须经过中介机构评估验证。2.参照股权转让价格，同一股东或同一企业的其他股东，在相同或类似条件下，核定股权转让收入。3 .参照同行业相同或类似条件企业的股权转让价格核定股权转让收入。4.纳税人对主管税务机关采用的上述核定方法有异议的，应当提供相关证据，主管税务机关认定属实后，可以采用其他合理的核定方法。