为什么要强化企业自主创新的主体地位？
1.从技术创新的内涵来看，企业是创新的主体。自主创新不完全等同于自主研发，关键是要将创新成果转化为现实生产力。在市场经济条件下，企业创新更有效，因为企业贴近市场，了解市场需求，有要素组合和运行机制将技术优势转化为产品优势，将创新成果转化为商品，通过市场获得回报。同时，在市场竞争的压力下，企业家比科学家更迫切需要通过自主创新提升竞争力、创造效益，谋求企业的发展壮大。正是企业的这些内在需求和属性，决定了其在创新中的主导地位。
2.从世界各国的经验来看，企业是创新的主体。西方国家工业化的历史进程表明，正是由于大量企业通过不断的技术创新，将发明或其他科技成果转化为市场需要的商品，将知识和技术转化为物质财富，形成规模产业，促进了产业结构的优化升级。同时，企业的不断发展可以形成新的R&D投资，从而推动技术创新和突破，实现经济技术发展的良性循环。
3.从目前的趋势来看，企业是创新的主体。数据显示，尽管世界各国政府都在加大R&D的投入，但企业的R&D投资往往增长更快。企业研发人员的数量也随着企业研发经费的快速增长而增加。创新资源向企业聚集的趋势在一定程度上反映了企业是创新的主体。
今天，我们强调自主创新，在创新的基础上，我们进一步强调中国的发展不应该盲目依赖外国技术，而必须掌握一些能够创造市场竞争优势的关键技术和知识产权。因此，在新的发展起点上，我们必须清醒地认识到自主创新的瓶颈。
首先，企业自主创新主体地位的缺失制约了我国自主创新能力的提高。据统计，我国大中型工业企业研发支出占销售额的比重不到1%，远低于发达国家2.5%-4%的水平。中国只有十分之三的企业拥有自主知识产权的核心技术，98.6%的企业没有申请专利。无论从创新投入还是创新产出的角度来看，中国企业都不能在技术创新活动中发挥主体作用。这种情况使得行业重大关键技术瓶颈难以突破，自主知识产权缺乏，直接制约了国家自主创新能力的提升。
二是企业自主创新地位不突出，使得经济发展方式转变“更加困难”。在传统的技术供给模式下，企业处于辅助角色。一些有市场前景的科技成果，由于技术转移机制不完善，不为企业所知，难以转化为现实生产力。因此，大多数企业在发展中仍处于外延扩张状态。
第三，迟迟不能确立企业自主创新的主体地位，可能会使中国跟不上科技革命的步伐。当前，世界新技术革命正在孕育，科技成果转化和产品升级的周期越来越短。有实力的跨国公司为了在技术上保持领先，在全球范围内优化创新资源配置，加快知识产权布局，抢占技术标准。相比之下，由于中国企业实力普遍较弱，国内新兴技术领域的一些成果多被跨国公司购买。这种情况太多会让我们错过可能的机会。
第四，企业自主创新主体地位的动摇，将固化中国在国际产业分工体系中的不利地位。在经济全球化趋势下，国际产业转移激烈。虽然我们扩大了出口，增加了就业，但以加工组装为主、附加值低的局面，使得企业无法积累创新所必需的资金，也无法真正掌握先进技术。同时，在外资企业的压力下，一些具有原始创新基础和潜力的国内企业人才逐渐流失，在国际分工中赢得有利地位的难度加大。
当前，加强企业在自主创新中的主体地位，应积极采取多种手段:1，引导和支持创新要素向企业集聚。2.重视国有企业的重要作用。