重庆市农业委员会机构设置
负责处理机关日常政务，综合协调相关事宜；负责对外协调和接待；负责农业办公自动化系统和电子政务的建设和管理；负责文秘、档案、信访、机要、保密、政务信息、目标管理和综合服务工作。
(二)研究室(挂市委农村工作领导小组办公室和农村固定观察点办公室)
负责全市农业和农村工作的政策研究；开展农村改革和发展重大问题的调查研究，提出新农村建设、农村改革和发展的政策建议；承担农业、农村工作和全市重要会议等书面材料的起草工作；承担市委农村工作领导小组办公室的日常工作。
(三)组建干部部门
负责市农村工作系统、党的组织建设和基层党委组建工作；参与农村基层党组织建设；负责本系统领导班子和干部队伍建设；负责本系统处级领导干部的选拔、监督和管理；负责机关及下属单位的统战和群团工作。
(4)宣传部
宣传党在农村的路线、方针、政策，参与农村思想政治工作和精神文明建设；指导和协调全市农村工作系统的宣传、思想政治和精神文明建设；负责本系统的思想政治工作、精神文明建设、农业新闻宣传等工作。
(5)法律部
起草农业和农村工作的地方性法规；负责行政执法的指导、协调和监督；承办行政复议、行政诉讼、行政赔偿等法律事务；承担行政执法检查。
(6)发展规划办公室
拟订农业和农村经济发展战略和农业中长期发展规划、年度计划和专项规划并监督实施；指导和协调农业和农村产业的结构调整和综合平衡；组织拟订农牧渔业固定资产投资、技术改造、粮食生产贴息贷款、名特优农牧渔业生产基地补贴等项目的规划和计划；
指导农业资源区划和农业产业化发展；负责“千村推进百村示范工程”建设；承担相关对口支援工作。
(7)财务部
负责编制和执行部门财务预算；负责财政支农专项资金与农业基本建设项目资金管理的衔接和协调；负责机关的财务工作；负责本系统国有资产的管理；指导农牧渔业养殖场(站)的管理工作；指导本系统的经济实体工作和经济体制改革。
(八)农村经济体制和管理部门
研究农村经济体制改革和农村经济发展趋势；负责农业社会化服务体系的改革和建设；负责指导农村集体经济组织、合作经济组织的农村经济统计、财务核算和资产管理；指导农村土地承包、农地使用权流转和合同管理；负责农民负担的监督管理。
(九)农产品质量安全监管处(应急管理办公室、重庆市绿色食品管理办公室)
制定农产品质量安全发展战略、规划和计划并组织实施；承担组织实施农产品质量安全风险评估和提出技术性贸易措施的工作；承担组织实施农业标准化相关工作；承担农产品质量和农业生产资料的安全监测、监督抽查和信息发布工作；组织指导农业检验检测体系建设和机构评估工作；指导农业质量体系示范管理，组织化肥、农药、种子等产品的质量监督、检验和注册；负责无公害农产品、绿色食品和有机农产品的管理；承担农业系统安全生产管理工作。
(10)市场与经济信息办公室(挂市绿色食品管理办公室牌子)
对大宗农产品和农业生产资料的流通和价格政策提出建议；指导农业领域信息系统建设，负责农业统计和农产品市场预测预警，定期发布农业和农村经济信息，引导农业和农民进入市场；指导农产品市场准入管理，负责组织打击假冒伪劣农业投入品工作；组织农业产业质量认证和重庆名牌农产品认证，实施农业名牌战略；指导和协调农产品贸易。
(十一)农业生态与农村能源处(重庆市人民政府农村能源办公室)
制定农业生态环境保护和可再生能源建设规划并组织实施；承担农业用地、渔业水域、草原、草山草坡、农业滩涂、农业湿地和农业生物物种资源保护管理的协调和监督工作；负责外来入侵生物的管理；组织实施生态农业建设试点和推广；组织农业生态环境监测、基本农田保护区环境质量监测和农业污染事故调查；负责农村可再生能源综合开发利用和节能工作。
(12)粮油作物开发办公室
提出促进粮油生产发展的政策措施建议；拟订粮食和油料生产发展战略、规划和年度计划并组织实施；提出粮油发展的重大技术措施，指导粮油结构和布局的调整，提出粮油阶段性生产管理的建议；负责区域粮油生产发展和商品粮油基地建设；负责农业信息和农业灾害信息的汇编，负责组织救灾备荒农业生产资料的储存和调拨；组织粮油种子及其资源的品种审核；提出耕地保护、补偿和改良的政策措施并监督实施；管理农业植物的内部检疫；负责基层农业技术服务体系建设；承担粮油质量安全管理工作。
(十三)蔬菜发展办公室
制定蔬菜产业发展规划和年度计划并组织实施；拟订蔬菜生产的总量平衡、结构调整、区域发展、基地建设和蔬菜加工规划并组织实施；承担蔬菜生产新技术、新品种的引进和推广；负责蔬菜市场产销信息的收集、整理和发布，指导蔬菜产销体系建设；承担蔬菜质量安全管理工作。
(14)特色经济发展部
制定特色经济发展战略、中长期发展规划和年度计划并组织实施；提出发展特色经济的重大技术措施；引导特色经济结构和布局调整；负责提出特色经济生产资料的需求计划；指导和协调柑橘等特色产业的相关工作。
(15)畜牧发展处(重庆市饲料工业办公室)
研究拟定畜牧业发展战略、中长期发展规划和年度计划并组织实施；研究拟订畜牧业和饲料工业的地方性法规和行政规章；研究提出畜牧业发展的重大技术措施；组织制定饲料和饲料药物添加剂地方标准并监督实施；负责畜禽养殖生产和品种资源管理；组织实施畜禽资源和草原资源保护；负责畜牧业结构和布局调整、饲料和饲草资源开发利用、饲料药物添加剂生产经营审批、行业监管、产品质量安全管理和饲料行业生产经营审批；指导饲料工业企业的技术改造。
(16)兽医及药剂学系
制定兽药行业发展规划并组织实施；提出兽医发展的重大技术措施；组织制定兽医卫生技术规范并组织实施；负责兽药及兽药相关行政审批，以及动物和兽药残留监控；负责渔用药物和渔用饲料的生产和管理；负责官方兽医、执业兽医和其他兽医从业人员的培训、资格认定、行为规范、医德医风建设和管理；制定医疗机构管理办法并监督实施；负责兽医实验室的生物安全管理；负责基层兽医服务体系建设。
(十七)动物防疫检疫办公室(重庆市防治重大动物疫病指挥部办公室)
负责动物防疫、卫生监督和产品检疫；制定动物疫病预防控制、动物和动物产品检验检疫、卫生监督等相关工作规划、计划、制度、管理办法和技术规范，并组织实施；依法监督管理动物疫病预防控制工作，负责动物防疫应急物资管理；制定重大动物疫病预防控制规划并组织实施，负责组织控制和扑灭动物疫病；负责动物疫情管理，组织动物疫情的监测、诊断、报告、调查、分析、评估和发布，提出预警措施和政策建议；组织实施动物和动物产品标识、追溯管理、检验检疫认证等监督管理工作
(十八)渔业发展部
制定渔业生产、水生野生动物资源和生态环境保护的发展战略、中长期发展规划和年度计划，并组织实施；提出渔业发展的重大技术措施，保护和合理开发利用渔业资源，负责渔业疫病的防治；指导渔业结构和生产布局调整，主管渔业良种生产和品种资源管理；负责渔业资源和水生野生动物资源的管理；制定本地渔船和海产品的质量标准并监督实施；负责渔业机械和渔网的生产和管理；承担水产品质量安全、渔业技术服务体系建设和渔船安全管理工作。
(十九)对外合作办公室
拟订开放型农业发展战略和中长期规划，指导和协调农业对外开放；调查国际农业发展动态，管理农业外事和对外经济业务，承担农业援外任务；组织协调农业招商，负责农业对外经济技术交流与合作；负责农业国际合作项目的论证、初审和实施；承担国际农业项目，包括川东北农业综合开发项目的管理。
(20)科技教育司
拟订农业科技教育发展规划；指导和协调农业科学研究、农业教育和科教兴农，推广先进适用的农业技术；指导和协调农业技术服务体系建设；负责农民技术职称评定，牵头开展农村实用人才相关工作；组织协调重大科研项目的重点研究、技术开发和示范推广；负责转基因农业的管理；负责农业科技成果管理、农业知识产权保护和农业植物新品种保护。
(二十一)审计局
承担机关及所属单位财务收支的审计监督工作；
受组织部门委托，对离任领导干部进行经济责任审计。
(22)人事劳动司
承担人事、机构编制等工作；负责农业系统专业技术职务的评审工作；指导农业行业特殊工种的职业鉴定；承办农业劳动模范的评选和表彰工作；负责人才规划、教育和培训。
机关党委负责机关及所属单位的党群工作。
退休人员办公室负责机关退休人员的管理，指导所属单位退休人员的工作。
(二十三)重庆市农业机械管理办公室下设3个职能部门:
1.农业机械办公室。
拟订农业机械产业政策、中长期发展规划和年度计划；负责农机系统的文秘、会务、档案和行政监督工作；负责组织收集、预测和发布农业机械行业经济技术信息；负责农业机械化目标管理、对外交流和宣传工作。
2.农业机械与设备部。
制定农业机械科学研究、技术攻关、示范推广规划和年度计划；提出农业机械装备重大技术措施建议，负责指导农业机械产品结构调整；组织农业机械化重点科研、技术攻关、关键装备开发和技术推广项目的立项评审；组织实施农业机械化新技术、新机具的推广和农业机械产品质量监督管理；承担国家支持推广的农业机械产品目录的推荐工作，拟定市级农业机械购置补贴目录；负责拖拉机培训学校的资质审批，拟定农业机械使用管理、驾驶操作人员和农业机械化技术的培训计划和相关规章制度，并组织实施。
3.农机监理站。
负责重大农业机械化生产活动的组织协调，指导农业机械化项目的实施；负责提高农业机械化推广应用水平；制定农业机械服务体系建设的政策措施，指导农业机械应用管理和基层农业机械服务组织建设；制定农业机械操作规范和技术标准并组织实施；负责农业机械安全、救灾和农业机械维修网络的管理；承担农业机械化统计工作，提出农机用油供应和价格政策建议。