公司一次性给我5000专利奖合法吗?

这种情况是合法的。

根据国家知识产权局的相关文件,大多数企业给予职务发明人一次性奖励,少数企业可能在专利实施后再次给予奖励。此外,根据国家知识产权局的规定,发明专利最低奖金不低于3000元,实用新型专利或外观设计专利最低奖金不低于1,000元。