新疆农业大学学术研究
教育部设立的教育部重点实验室:中国西部干旱荒漠区草原资源与生态教育部重点实验室。
教育部研究中心:棉花工程研究中心
农业部农业科学观测实验站:西北草食动物营养与饲料科学观测实验站
农业部国家特色林果研究中心:李湘品种改良中心
自治区级重点实验室:新疆草原资源与生态实验室、新疆草食动物肉奶营养实验室、寒区旱区水文水资源与水利工程实验室、旱区林业生态与产业技术实验室、农林有害生物监测与安全防控实验室、畜禽疫病防控实验室和畜产品质量安全实验室、新疆农业工程装备创新设计实验室。
自治区工程技术研究中心:新疆水果加工与保鲜工程技术中心、新疆水文水资源工程技术研究中心、新疆乳品工程技术研究中心。
自治区高校人文社会科学重点研究基地:干旱地区农村发展研究中心
自治区教育厅高等院校重点实验室:干旱区林业生态与产业技术重点实验室
新疆农业大学重点建设实验室:新疆草地资源与生态重点实验室、农业生物技术重点实验室、棉花工程研究中心、新疆农业节水与水资源研究中心、农业信息化与数字农业研究中心、农产品加工工程技术中心、新疆特色果业研究中心、中亚农业经济与农产品贸易研究中心。2006年至2013年，学校承担了562项垂直科研项目，其中包括国家科技支撑。主持或参与的科研成果获省级以上奖励60项，其中国家科技进步二等奖2项，自治区科技进步一等奖6项，自治区哲学社会科学成果一等奖3项。通过12品种审定，获得81项专利。2014年5月官网显示，自2003年以来，该校承担自治区农业适用性技术推广项目48项，资金905万元。与地、州、企业的科技合作项目232个。南疆在研科技合作项目仅34项，经费2645万元。
科研成果中，新疆科技进步一等奖、国家科技进步二等奖《漏斗式全排沙技术及应用》通过激光测试仪和五孔皮托管球三维试验装置的试验分析，揭示了三维清水和浑水流场的水力特性和悬移质排沙漏斗的输沙机理， 并集成了悬浮泥沙和推移质两大功能，可同时清除粒径大于0.05mm的各级泥沙，被专家鉴定为国际先进水平。
“新疆特色水果高效节水综合技术研究与应用”获新疆维吾尔自治区科技进步一等奖。该项目针对林果业灌溉技术面临的重大关键问题，开展了果树微灌、水肥耦合、田间微环境调控等关键技术研究，开发了适用于果树微灌的低压低能耗新技术，开发了一系列具有自主知识产权的微灌新产品，形成了农业高效节水技术应用管理模式，建立了综合实验基地。与地面灌溉技术相比，该研究技术可使果树平均增产65438±00.6%，肥料利用率提高65438±05.4%，水分利用效率提高32.7%。系列高效过滤设备可降低水头损失1 ~ 3m，提高除砂效率15 ~ 25%。研制的移动式滴灌机和过滤器已实现产业化。项目成果对实现新疆17万亩特色果树的健康发展发挥了重要支撑作用，对干旱地区农业高效用水和水资源合理配置具有重要参考意义。开发的节水技术、产品和应用模式具有广泛的推广应用价值。馆藏资源截止2014年3月，新疆农业大学图书馆藏书100余万册，期刊2200余种，中英文数据库15个。是国家科技查新二级定点单位(1995)、FAO出版物馆藏(1997)、教育部中国学术数字联合图书馆项目新疆服务中心(2010)、新疆少数民族文献资源数字化处理中心(2010)。《新疆农业大学学报》是由新疆农业大学主办，面向国内外公开发行的综合性农业学术期刊。成立于1965，2004年进入中国科技核心期刊。2008年被中国核心期刊目录列为农业科学综合性核心期刊。
对美国化学文摘(网络版)、美国剑桥科学文摘:自然科学版、俄罗斯文学杂志、英国动物学记录、公共卫生、国际农业与生物科学中心数据库文摘、中国生物学文摘、中国生物学文献数据库、中国林业文摘等国内外重要文献进行检索和检索。
此外，中国期刊全文数据库、中国学术期刊综合评价数据库、万方数字期刊群、中国科技期刊数据库均已收录期刊为源期刊。