如何处理被发现侵权的扣押商品？

法律解析:涉嫌侵犯知识产权的被扣押货物，经海关调查后予以没收，用于公益事业，转让给知识产权权利人，依法拍卖，销毁。

法律依据:《中华人民共和国知识产权海关保护条例》第二十七条。被扣留的侵权嫌疑货物经海关调查发现侵犯知识产权的，海关予以没收。海关没收侵犯知识产权的货物后，应当将有关情况书面通知知识产权权利人。没收的侵犯知识产权货物可以用于社会公益事业的，海关应当将其移交相关公益机构用于社会公益事业。