淮南市商务局主要机构
负责行政机关的日常事务；制定各项制度体系；负责文秘、会务、机要、保密、档案等机关日常工作；负责局党委会议、局办公会议的组织和会议决定的贯彻落实及领导批示的督促检查；负责起草局机关重要文件；负责党政信息、信访、政务公开和机关后勤管理工作。
组织宣传和劳动保障科
负责局党委和市级相关部门的组织、人事、宣传、教育、创建和统战工作的实施；指导和检查基层党组织的思想、组织和作风建设；做好干部教育、培训、考核、任免、奖惩和后备干部培养选拔工作；贯彻党的统一战线政策和宗教民族政策；研究制定商务人才发展规划；负责机关及直属事业单位的机构设置、人事管理、教育培训；指导直属企业的劳动、就业和保险工作，负责劳动工资统计工作；配合有关部门处理劳动争议、劳动仲裁和工伤事故；负责局机关离退休干部的服务和管理，指导所属单位老干部和企保中心的工作。
规划和财务科
研究制定国内外贸易中长期规划和年度计划控制目标；负责监测和分析国内外贸易和国际经济合作的宏观运行情况；承担局机关管辖的各项业务经费和专项经费的使用和管理，编制预决算；执行国家出口退税等促进外贸的财政、税收和金融政策，办理出口退税审核；指导外经贸企业的外汇管理和核销工作；负责国内外贸易统计，全市各经济部门的商品流通，与流通加工和餐饮服务有关的金融和统计工作；指导和监督所属单位会计、统计法规和相关会计制度的执行，协调财政、税收、审计和财务政策的执行；根据授权负责国有资产的管理和监督；负责商业会计学会的日常工作。
指导所属企事业单位内部审计，协调处理重要审计事项，开展各类专项审计。
综合法规司(商务综合执法办公室)
研究经济全球化、区域经济合作、现代市场体系和现代流通方式的发展趋势，提出对策和建议；研究拟定国内外商贸流通体制改革的意见和建议；研究国家、省、市有关内外贸和外商投资企业的政策法规，提出贯彻实施的意见和建议；组织起草促进国内外贸易、国际经济合作和外商投资的各项政策意见；组织起草地方性商务法规草案；承办相关的行政复议和行政诉讼；提供企业法律咨询服务，指导企业法律顾问工作，审查企业改革方案并指导实施；配合有关部门开展法制教育和宣传工作；承担全市畜禽屠宰、酒类流通管理、成品油、危险化学品、典当拍卖、二手车流通、报废汽车回收、再生资源回收和商业特许经营管理的执法职责；负责全市12312企业举报投诉服务。
流通管理科
承担商贸业服务管理，研究商业营销模式改革，推进商业业态和流通组织创新；推进流通体制改革和连锁经营、商业特许经营、物流配送等现代流通方式发展，推广先进流通技术；负责零售、食品加工、盐、肉、糖、酒、汽车流通、报废汽车拆解等特殊商品和特殊行业的监督管理；负责“三绿工程”的管理；负责城乡商业网点的规划、管理和重点经营项目；参与商品住宅建设配套住宅楼的规划和管理；负责市场部的商品质量、计量、价格和品牌管理。监测分析市场运行、商品供求，调查分析商品价格信息，进行预测预警和信息引导；承担建立和完善生活必需品市场供应应急管理机制的相关工作；负责重要消费品储备(肉、糖、小包装食品等)的管理和市场调节。);承担酒类流通管理的日常工作，市“万村千乡市场工程”试点工作领导小组办公室和市生猪定点屠宰工作领导小组办公室。
市场订单科
带头协调整顿和规范市场经济秩序；推进商务领域信用建设，引导商业信用销售，建立市场诚信服务平台；参与组织打击知识产权侵权和商业欺诈行为；负责全市加油站(点)规划的编制和实施以及成品油市场的监督管理；做好“十万店无假货”活动，承担整顿和规范市场经济秩序领导小组办公室、整顿成品油市场领导小组办公室、创建“三信三优”活动领导小组办公室的日常工作。
市场体系建设科
组织制定和完善规范市场体系的政策；协调打破市场垄断、行业垄断和地区封锁的相关工作；牵头组织和规范零售企业的促销行为；指导大宗产品批发市场和集贸市场的规划和商业体系建设；推进农村市场和农产品流通体系建设；制定服务业发展规划，研究制定服务业改革发展政策，承担服务业行业管理；根据有关规定对拍卖、典当、租赁、展览和旧货流通等新型服务业进行指导和监督管理；负责行业中介组织和行业协会的管理、规范运作和发展；组织实施国家、省、市安排的流通领域重大投资项目；指导社区商业发展、流通领域节能降耗，提出促进中小商业企业发展的政策建议；引导再生资源回收利用；负责贸易行业从业人员的培训和技术水平鉴定。
外国投资外事科
研究制定本市外商投资促进政策，指导本市外商投资工作，分析研究本市外商投资形势，定期向市政府和省商务厅报送有关动态；贯彻国家、省、市有关外商投资的政策法规，参与制定外商投资发展战略和中长期规划；依法审批本市限额内外商投资项目合同、章程和法律特别规定的重大变更，申报设立限额以上外商投资企业，限制投资和涉及配额、许可证管理的；审批外商投资企业进口设备清单；监督检查外商投资企业执行有关法律、法规和合同章程的情况，协调解决出现的问题；指导和管理全市利用外资和外商投资企业工作；负责对外投资统计。归口管理全市经济贸易外事工作；负责全市各类经贸团组、外派劳务和赴港澳团组的审批；负责全市大型外经贸代表团的出访安排；办理全市对外贸易和劳务的对外邀请事务；负责接待重要的对外经济贸易代表团和商务官员；承办机关及直属单位的相关外事工作；联系涉外经济商务机构相关事宜；组织协调外国企业联合年检；承担市“五外”工作协调领导小组办公室的日常工作；联系市经济技术开发区工作。
外贸发展科
贯彻国家、省、市外贸管理政策，推进外贸促进体系建设，负责进出口孵化促进工作；执行国家进出口商品管理办法和目录；承担重要工业品、原材料和重要农产品进出口总量计划的组织实施；组织管理进出口商品配额和关税配额；制定和实施进出口商品配额招标政策；制定促进加工贸易的政策；牵头制定服务贸易发展规划；拟订技术性贸易政策和促进服务出口的规划和政策并组织实施；负责技术进出口管理、服务贸易促进和服务贸易统计；会同有关方面制定并组织实施促进服务外包发展的规划和政策，推进服务外包平台建设；制定推进外贸基地建设的政策措施，推进出口产品国际认证和商标注册，指导出口品牌建设和管理；协调和管理全市货物进出口工作；指导和协调加工贸易和境外加工贸易；负责全市各类企业对外贸易经营权的资格审查，组织和指导企业参与各类对外贸易活动；负责进出口贸易中的涉外理赔、索赔裁决和佣金折扣裁决；负责全市进出口商品的管理，申报和监督经批准的公司的经营权；负责全市易制毒化学品的进出口管理。
对外经济合作科
拟订我市对外经济合作和人员出境就业管理的相关政策和规章制度；负责境外就业职业介绍机构的资质认定、审批、监督和检查；依法管理和监督对外投资、对外承包工程、对外劳务合作、设计咨询等对外经济合作业务；组织和指导外派劳务人员的综合培训；开展多边和双边对外经济交流与合作，指导重大对外经济合作项目的实施；承担境外劳务人员和境外雇员权益保护的相关工作；审查本市企业在境外投资开办企业(金融企业除外)和对外经济合作企业的经营资格；审查实施各类援外项目企业的投标资格，指导援外项目的实施；管理本市接受多边、双边及相关国际民间组织无偿援助的项目及相关业务；承办对外承包工程和劳务合作的统计工作。
机电产品进出口和科学技术科
拟订并实施机电产品和成套设备进出口的政策措施、中长期发展规划和年度指导性计划；负责全市机电出口产品技术改造、研发等项目的申报；承担机电产品贸易的促进工作；制定进口机电产品招标的有关办法并组织实施；提出促进技术贸易的鼓励政策，管理全市技术和高新技术产品的出口和技术引进；组织实施国家高新技术产品进出口管理政策和目录；承办高新技术产品贸易促进工作；执行国家进出口管制政策，依法签发两用物项和技术进出口许可证；组织多边和双边工业技术合作；协调国内外贸易和国际经济合作中的科技发展和进步。
进出口公平贸易及保安组
承办进出口公平贸易相关工作；调查我市出口商品歧视性贸易政策、法律、法规和做法，研究相应对策；建立进出口公平贸易预警机制；指导和协调我市出口商品反倾销、反补贴和保障措施的应诉及相关工作；承担产业损害的调查和裁定；建立健全产业损害预警机制，开展产业竞争力调查、产业安全应对和效果评估；指导和协调工业安全反应；承担与世界贸易组织有关的研究、指导和服务工作；依法对经营者集中行为进行反垄断审查；指导我市企业应对国外反垄断诉讼；开展多边和双边竞争政策的国际交流与合作；负责企业事业单位社会治安综合治理、安全生产和内部治安保卫工作的指导管理、宣传教育、监督检查；指导下属企事业单位的国家安全工作，配合做好保密工作；做好设备管理和特种设备运行安全工作，做好基建、仓储、运输的安全和指导服务。
行政审批服务科
负责全球范围内所有行政审批服务的受理、审核和批准。
信息化科
制定利用电子商务开拓国内外市场的相关政策措施，在国内外贸易和国际经济合作领域实施国家、省、市有关电子商务的标准和规则；负责进出口预警、市场预测预警和信息发布，组织建设市场运行和商品供求监测信息系统；电子政务和网上投资促进；指导全市商务领域信息网络、电子商务和电子政务建设，组织信息培训和交流。