高新技术企业的税务管理风险有哪些？

一是未通过高新技术资格认定和审核不能继续享受税收优惠。

《高新技术企业认定管理办法》和《工作指南》在知识产权、高新领域、研发费用、高新收入、人员、研发机构管理水平、科技成果转化能力等方面对高新技术企业设置了严格的条件。随着实践中对高新技术企业的标准越来越严格，特别是对企业在核心技术和自主研发方面的要求越来越高，企业在高新技术资格认定和复审过程中面临着极大的失败风险。

第二，报税不通过的风险。

由于税务机关对企业的实际情况相当熟悉，在办理减税备案时，往往会根据企业提供的备案资料和自己多年掌握的企业涉税情况，认真核实企业各方面资质是否真正符合高新技术企业的要求。在税收任务日益繁重的情况下，税务机关会加大对企业减免税备案的审批力度，客观上增加了企业税务备案的难度和不确定性，同时也加剧了企业税务备案不通过的风险。

第三，有效期内高新检测的风险。

2013年初，科技部、财政部、国家税务总局联合发布《关于开展高新技术企业认定管理检查工作的通知》，拟在全国范围内开展高新技术企业认定管理检查工作。与前几年财政部、审计署等部门对部分地区高新技术企业开展的专项检查和抽查相比，这次联合检查标志着主管部门对高新技术检查的检查方式、范围和力度都有了新的成果。在经济增速放缓、市场需求不足、结构性减税等因素影响下，上述文件的出台绝非偶然。在宏观经济没有明显好转的情况下，未来几年高科技检测的严峻趋势仍将持续。因此，尚在有效期内的高新技术企业面临着前所未有的高新技术检验风险。

第四，高新技术资格被撤销的补税风险。

由于相关规定在很多方面对高新技术企业设置了严格的条件，为了享受高新技术企业的税收优惠，一些企业在申报过程中采取了一些灵活的做法，甚至提供了一些虚假的资料。随着高新技术资质检查的加强，上述不合格企业在后续的频繁检查过程中，将面临被撤销高新技术资质的极大风险。

企业高新技术资格被撤销的，上一年度享受的高新技术税收优惠由税务机关全额收回，并缴纳相应的滞纳金。一般来说，企业累计享受的税收优惠金额加上每天万分之五的滞纳金，会是一笔非常可观的金额。因此，高新技术资质的后续维护对于企业的可持续经营至关重要。企业高新技术资格一旦被撤销，将面临在规定期限内缴纳高额税款和滞纳金的风险。

第五，五年内不得申请高新技术，按25%的税率纳税。

根据《认定管理办法》的规定，五年内被取消高新技术企业资格的企业，认定机构不再受理其认定申请。对于盈利能力较强的高新技术企业来说，五年不申请高新是巨大的经济损失，因此也是企业需要密切关注的风险之一。

第六，上市公司和拟上市公司的特殊税收风险。

高新技术资质对上市公司的声誉、品牌、核心竞争力、业绩都有着特殊的意义。一般来说，上市公司或其控股子公司通过高新技术资质认定或审核将是重大利好消息，公司业绩有望大幅增长，股价将在几个交易日内持续上涨。相反，如果上市公司发布重大纳税公告，也会给上市公司带来不可估量的损失，比如陷入“伪高科技门”的贝因美。