公司员工在另一家公司的专利上有名字怎么办?

它是你的了。

公司员工在工作期间获得发明专利,知识产权归公司所有。如果你离开公司只是为了合作关系,专利应该还是属于你的。

你可以通过法律途径维护自己的合法权益。