有了专利证书，还可以被指控侵权。

首先，你不了解中国的专利制度。侵权是原告的专利产品与被告的侵权产品之间的比较判断，与被告的侵权产品是否拥有专利无关。如果被告的侵权产品拥有专利，并且是在原告的专利申请日之前，被告可以宣告原告的专利无效。在无效宣告过程中，法院会中止诉讼，等待复审委员会的无效结果做出判决。但是如果你后来申请了专利，那么这个专利对侵权诉讼没有任何影响。

其次，对于你的问题1，你还有一个误区，就是只要我有专利，我就可以随意生产，不存在侵权。同上，你还是把无效和侵权诉讼混为一谈。问题1你的问题是为什么我拥有专利后会被判侵权？不管你后来申请了多少专利，只要你生产的产品属于原告在先专利的保护范围，就会被判侵权，与此无关。当然，你可以通过无效宣告程序使对方的专利无效，来解决侵权问题。

你的问题2，因为实用新型专利在中国没有进行实质审查，也就是说专利局在审查的时候没有进行检索，没有审查你申请的专利是否具有创造性，这是实用新型专利权不稳定的原因。你问题2的原因是在你申请之前已经有相同的专利申请了。不管你后来申请了多少专利，只要你生产的产品在之前专利的范围内，就被视为侵权。至于专利权人申请专利，有什么用？怎么会没用呢？如果你的技术足够有创意，之前没有人申请过，你可以用它来维权。正如你提到的，原告的工厂通过专利赢得了权利。

问题3。前面已经讲得很清楚了，侵权是将对方的专利产品和你生产的侵权产品进行对比。跟你的侵权产品有没有专利没有关系。可以通过无效宣告程序宣告对方专利无效。

最后，建议你咨询专业的事务所。