创新型产业集群的主要问题
比如有人把产业集群理解为产业集中或产业集聚或产业链，把创新型产业集群简单理解为基于高新技术产业的集群。与此同时，一些地方对产业集群的发展存在诸多误解，如把主导产业(或支柱产业)的发展等同于产业集群的发展；把发展工业园区简单等同于发展产业集群，“乡镇建区”、“乡镇办园”过分强调产业的地域集聚；一些地方不顾当地实际，过分强调打造(或拉长、延伸)“产业链”，产业“完成如龙”，造成“大而全”或“小而全”；过分依赖大企业或大项目发展产业集群，忽视中小企业在产业集群形成中的主体作用；重视“七通一平”、基础设施等硬环境建设，忽视文化交流等软环境建设。
二是创新型产业集群发展的制度环境不完善。产业集群的发展离不开制度环境的支持，创新型产业集群的发展也需要政府的适当引导。虽然近年来我国创新型产业集群取得了很大进展，但总体来看，创新型产业集群发展的制度环境还不完善。
这主要体现在:相关法律法规不健全；鼓励创新产业集群发展的政策仍然缺乏；政府职能转变滞后，“缺位”与“越位”并存，公共服务不足；行业协会等非政府组织发展缓慢；知识产权保护不力，产权信用环境差；金融担保机构、教育机构、中介服务机构不足；僵化的行政区划不利于生产要素的大规模流动和聚集。
三是部分创新型产业集群的产业层次和附加值较低。由于我国许多创新型产业集群尚处于形成初期，主要依靠低成本战略形成竞争优势，因此创新型产业集群普遍存在产业层次低、产品附加值低的问题。
比如，一些集群中企业产品的技术和知识含量低，高附加值的产业和产品不够；低附加值产业集群较多，高技术产业集群较少；自主创新能力弱，集群大而不强。抽样调查显示，珠三角地区自主研发企业比例不足40%，大部分企业没有核心技术；作为技术创新基础的劳动力技能低下，一些制造业集群甚至出现了严重的“技工荒”；由于保守传统文化的束缚，集群内企业创新意识不够，人才流动性低。
第四，一些创新型产业集群分工协作水平低。创新型产业集群是深化分工合作的重要体现。但是，由于市场体系不完善，信用环境不佳，很多地方的创新型产业集群分工协作水平较低，不能适应发展的需要，表现为外包意识差，产业链不完善。
深圳有家具、钟表、服装、机械、制鞋、工艺品等六大传统产业集群，都具有相当的经济规模，但大部分成品及其零部件都在单个企业内部完成，配套企业不满意；集群内同类企业因恶性竞争、相互压价而难以合作联合，没有相互支持、相互依存的专业产业网络；一些创新型产业集群离大学或研究机构很近，但由于缺乏良好的合作机制和氛围，除了中关村等少数大学区外，这些大学或研究机构并没有成为产业集群创新的重要来源。